1. Заходим сюда https://pdd.yandex.ru (требуется регистрация)
2. Вписываем Ваш домен, нажимаем подключить домен.
3. Заходим в управление доменом и добавляем две записи.
yamail-2ae7c3636532 CNAME mail.yandex.ru. (yamail-2ae7c3636532 - пример, смотрим что пишет Вам яндекс)
mail CNAME domain.mail.yandex.net.
Так же исправляем, а если нет, то добавляем запись МХ типа
@ MX 10 mx.yandex.ru.
Нажимаем что там нужно для проверки, далее вводим Ваш емейл, какой должен быть при домене и выбираете пароль.
Всё, почтовым ящиком при домене можно будет пользоваться с помощью сервисов яндекса.